在很久很久以前，有一個強大的忍者，現在世界上所有的忍術都是他發明的。他的名字叫做シノビガミ，人們因爲恐懼、因爲崇拜，把他稱爲了忍神。

但是，因爲他的力量實在是太強大了，被人們害怕 而被封印了起來。時間流逝，到了1990年的時候，有一派忍者「隱忍的血統」他們體內和忍神血脈相通的子嗣。透過了儀式復活了忍神，但是，因爲復活儀式的關係連帶著打開了魔界的大門。有許多被稱爲「渡來人」的魔界生物，跑到了人類居住的世界。因為這件事情，六大流派都被牽連近來，史稱「忍界大戰」。

忍界大戰中，被認爲是罪魁禍首的隱忍一族，被其他五大流派圍攻，各地的據點幾乎都全毀，殘餘勢力只能在最後的據點-京都集結。瀕臨滅亡的隱忍一族之中，出現了自願讓自己的身體和非人的怪物融合，來增強戰力。就在這個情況之下隱忍一族的三個下位流派『土蜘蛛』、『血社』和『凶尾』就這樣誕生了。其中凶尾更是成爲了隱忍之中最強大的戰力，成員擁有可以和武鬥派的鞍馬神流對抗。

忍界大戰的結果，五大派還是成功的把忍神封印起來，不過面對背水一戰的隱忍一族，也付出了慘痛的犧牲。其中沒有組織的離群者們受到了嚴重的打擊，傷亡人數僅次於隱忍一族，因此原本不喜歡受到拘束的離群者，也開始有了創立組織的想法，隨之而生的則是離群者中的下位流派『世界忍者聯合』。而另一方面，原本以體數見長的鞍馬神流，少數的人們對於在戰鬥上遜於隱忍一族一直耿耿於懷。出現了捨棄武術精神，單純追求強大破壞力下位流派『銃槍』和專門研究隱忍一族忍法和弱點，針對此點勝過隱忍一族的下位流派『魔王流』。

故事還在繼續，世界會繼續運轉……
表世界：泛指不會忍法的普通人組成的現代社會，由政治界和經濟界互相影響著。
裏世界：狹義來說是指忍者的世界，廣義來說泛指認何擁有超越普通人常識範圍能力者所構成的世界。除了日本的忍者以外，教廷所屬的驅魔師、法國的聖堂武士、英國的圓桌武士等，擁有可以和忍術匹敵能力的能力者也可以視爲裏世界的一員。

黑神財團：一舉一動足以左右日本經濟的財團。
頭領：各流派的領導人物，可以晉升爲頭領位階者，都是是完成了無數次任務，擁有高強本領的忍者。在裏世界都是人盡皆知的知名人物。
忍神兵器：原本是由忍神製造，可以強化忍者特技的六把武器。後來被泛指所有擁有增強忍者特技的武器。用製造年代來區分的話，分成最初的六把「古兵器」、忍神封印到忍界大戰中製造「新兵器」和忍界大戰結束後製造的「現代兵器」。